Dr hab. inż. Waldemar Magda zajmuje stanowisko profesora nadzwyczajnego na Wydziale Inżynierii Lądowej i Środowiska Politechniki Gdańskiej. Prowadzi wykłady z przedmiotów: budownictwo morskie, oceanotechnika, dynamika morza, teoria konstrukcji morskich, a także Marine and Civil Engineering, Submarine Pipelines oraz Mooring and Fendering.
W latach 1995–1996 odbywał staż naukowy w Instytucie Franziusa (Hanower, Niemcy) prowadząc badania rurociągu podmorskiego w dużym kanale falowym. Uczestniczył (1999–2000) w pracach projektowych nad pierwszym polskim rurociągiem podmorskim łączącym platformę wydobywczą firmy LOTOS Petrobaltic z bazą lądową we Władysławowie.
Obecnie współpracuje z zagranicznymi ośrodkami naukowymi, takimi jak: Uniwersytet w Okayamie (Japonia), Duński Uniwersytet Techniczny w Lyngby oraz Uniwersytet Techniczny w Istambule (Turcja) w dziedzinie oddziaływania podłoża morskiego, falowania i konstrukcji morskich, ze szczególnym uwzględnieniem rurociągów podmorskich.
Dr hab. inż. Waldemar Magda jest autorem kilku monografii, a w tym przede wszystkim pracy pt. „Rurociągi podmorskie. Zasady projektowania” opublikowanej w Wydawnictwie Naukowym PWN (Warszawa, 2018). Poza tym jest także autorem kilkudziesięciu artykułów naukowych opublikowanych w krajowych i zagranicznych czasopismach.
Jest członkiem American Society of Civil Engineers (ASCE), International Society for Soil Mechanics and Geotechnical Engineering (ISSMGE), a także Polskiego Komitetu Geotechniki (PKG) oraz Gdańskiego Towarzystwa Naukowego (GTN).